À l'origine, la paroisse de Ploudiry, dont l'ancienne orthographe « Ploedriri » signifiait en vieux breton « paroisse des chênes », s'étendait sur un vaste territoire allant de Landivisiau à Landerneau couvrant plus de 8 000 hectares.
Aujourd'hui d'une superficie de 2 709 hectares, la commune s'étend du plateau Léonard jusqu'aux monts d'Arrée.
Son altitude est relativement élevée pour la région avec une altitude de 189 mètres dans le bourg jusqu'à culminer à 191 mètres en son point le plus élevé. Le relief y est moyennement accidenté, s'abaissant progressivement du sud-est vers le nord-ouest.
La commune est ainsi bordée au sud-est par la vallée de l'Elorn, rivière prenant sa source dans les monts d'Arrée et qui s'écoule sur le territoire de la commune dans une vallée profonde et boisée. Ces vallées encaissées sont nombreuses et plusieurs ruisseaux prennent leurs sources dans la commune avant, pour certains, de rejoindre l'Elorn, les autres s'écoulant vers la rade de Brest à l'ouest.
